疾控中心实验室的通风系统和压差是保证实验室正常运转的主要环节，一般无特殊要求房间除门窗通风外，可设侧墙换气扇通风，在理化区应多设通风柜及吸气罩，凡产生有害气体设备如光谱及色谱分析类设备均应设吸气罩，设计时应确定位置和高度，并留有发展空间，在化学试剂库房吸风罩与试剂柜相连，设感应装置，自动排气。所有通风柜的排风系统宜独立设置，即“一柜一管风机系统”，不宜共用风道，不得借用消防风道。实验室不宜采用不同实验室之间空气交换的中央空调系统，避免造成交叉污染，独立实验室可采用单独空调，单元组合类实验室可设风机盘管系统或变频变冷媒流量一拖多系统。

 疾控中心实验室空气净化与压差设计，临床检验实验室无净化要求，微生物实验室中消毒实验室设计为周边6级~7级，局部5级，其余实验室设计为7级，理化实验室除ICP-MS设计为6级，其他实验室无净化要求。设压差的实验室主要有洁净室、PCR室、结核实验室及病原微生物负压BSL-2室，洁净室之间及与室外压差5 Pa~10 Pa为宜，PCR室的试剂配制室及样品处理室宜微正压（+5 Pa~+10 Pa），核酸扩增室及产物分析室宜微负压（-5 Pa~-10 Pa）。